Учени разработиха нова техника за да надникнат в пространствената архитектура на генома
Хората, които притежаваха черно-бели телевизори до 80-те години на миналия век, не знаеха какво им липсва, докато не се сдобиха с цветен телевизор. Подобно развитие може да се получи и в света на геномиката. Изследователи от Берлинския институт за медицинска системна биология към Центъра “Макс Делбрюк” (MDC-BIMSB) са разработили техника, наречена Картографиране на геномната архитектура („GAM“). Чрез нея учените могат да надникнат в генома и да го разгледат много по-подробно.
„С черно-бял телевизор можете да видите формите, но всичко изглежда сиво. Но ако имате цветен телевизор и гледате цветята, разбирате, че те са червени, жълти и бели. По същия начин вече можем да получим информация за начина, по който геномът е разположен в трите измерения.“ за който не сме знаели.” Думите са на професор Ана Помбо, молекулярен биолог и ръководител на лабораторията за епигенетична регулация и хроматинова архитектура.
GAM осигурява по-комплексна информация
Техники като Hi-C и GAM позволяват на учените да замразят и изследват взаимодействията между регулаторните последователности и гените. При Hi-C хроматинът се нарязва на парчета с помощта на ензими. После отново се залепва заедно по такъв начин, че двупосочните ДНК взаимодействия се разкриват при секвениране.
При GAM, учените вземат стотици частици от ядра, всяко от отделни клетки, и извличат ДНК от тях. Те секвенират ДНК и статистически анализират данните, за да разберат кои региони си взаимодействат.
Използвайки тази техника, екипът създал карта на триизмерните взаимодействия.
За сравнение, Hi-C улавя предимно двупосочни взаимодействия. И двете техники се допълват, тъй като два от всеки три контакта, открити от GAM, не са видими с помощта на Hi-C и обратното.
Д-р Робърт Беагри, съавтор на изследването и молекулярен биолог от Оксфордския университет е направил следното изявление:
„Бях изключително развълнуван да видя, че сме открили наистина силен ефект. Ясно е, че тези сложни взаимодействия са били много по-често срещани, отколкото сме смятали преди.“
Може да прочетете още за:
- Как да спрем болки свързани с остаряването?
- Мозъкът има собствен отпечатък на болката
- Наташа Кулвиват – откритието й за самоубийствата
- Нежелани лекарствени реакции – част #1
- Нежелани лекарствени реакции – класификация част #2
